Howdy, Stranger!

It looks like you're new here. If you want to get involved, click one of these buttons!

Supported by

Discrepancy Results JASP & BayesFactor (R)

Hello,

I am doing a Bayesian RM-ANOVA with both JASP and the BayesFactor package in R. I am using the example data set - Bugs (Ryan, Wilde & Crist, 2013) - for RM-ANOVA, provided by JASP. I am only using 2 (Disgusting) X 2 (Frightening) as the repeated measures variables. For some reason I get rather different results in JASP and in R.

In JASP I kept the default settings:

I get the following output:

In R, I first put the data into the long format and excluded missing values (because BayesFactor throws an error otherwise). You can see the script here:

library(tidyverse)
library(BayesFactor)

data <- read_csv(file = "Bugs (Ryan, Wilde & Crist, 2013).csv")

data_cl <- data %>%
gather(key = "key", value = "Value", 5:8) %>%
separate(col = "key", into = c("Disgusting", "Frightening"), sep = ", ") %>%
filter(!(is.na(Value))) %>%
mutate_at(c("Subject", "Disgusting", "Frightening"), as.factor) %>%
as.data.frame()

mod_bay <- anovaBF(formula = Value ~ Disgusting * Frightening + Subject,
data = data_cl,
whichRandom = "Subject")

For the R analysis I get the following results:

I am aware that the results are always a bit different due to Monte Carlo sampling. However, I do not think that this explains such large discrepancies in the Bayes factors between JASP and R.
Does someone have an idea how this comes about?

Thank you very much for you help!

Comments

  • JASP ought to use the BayesFactor code. My first suggestion would be to run the analysis multiple times to get an indication of the variability in the outcomes. How systematic is it?
    E.J.

  • Thanks for your reply!
    Yes, I had the same suspicion. Looking only at the effect of "Disgustin", for example, JASP gives BF10s roughly between 20 and 22 whereas BayesFactor gives BF10s roughly between 30 and 32 when I run the analyses 5 times.

  • OK. And you checked that it does not have anything to do with the missing values? So when you apply JASP to the data after removing the missing values, the results are unaffected?
    E.J.

  • Well, indeed that is the problem! When I removed the missing values in R, only one row in the long data format (i.e., one cell in the wide format) was removed, whereas JASP seemed to remove a whole row in the wide format. So, adjusting for this, I now get the same results in JASP and R.
    Thank you for dissolving that riddle for me!
    M.L.

Sign In or Register to comment.

agen judi bola , sportbook, casino, togel, number game, singapore, tangkas, basket, slot, poker, dominoqq, agen bola. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 50.000 ,- bonus cashback hingga 10% , diskon togel hingga 66% bisa bermain di android dan IOS kapanpun dan dimana pun. poker , bandarq , aduq, domino qq , dominobet. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 10.000 ,- bonus turnover 0.5% dan bonus referral 20%. Bonus - bonus yang dihadirkan bisa terbilang cukup tinggi dan memuaskan, anda hanya perlu memasang pada situs yang memberikan bursa pasaran terbaik yaitu http://45.77.173.118/ Bola168. Situs penyedia segala jenis permainan poker online kini semakin banyak ditemukan di Internet, salah satunya TahunQQ merupakan situs Agen Judi Domino66 Dan BandarQ Terpercaya yang mampu memberikan banyak provit bagi bettornya. Permainan Yang Di Sediakan Dewi365 Juga sangat banyak Dan menarik dan Peluang untuk memenangkan Taruhan Judi online ini juga sangat mudah . Mainkan Segera Taruhan Sportbook anda bersama Agen Judi Bola Bersama Dewi365 Kemenangan Anda Berapa pun akan Terbayarkan. Tersedia 9 macam permainan seru yang bisa kamu mainkan hanya di dalam 1 ID saja. Permainan seru yang tersedia seperti Poker, Domino QQ Dan juga BandarQ Online. Semuanya tersedia lengkap hanya di ABGQQ. Situs ABGQQ sangat mudah dimenangkan, kamu juga akan mendapatkan mega bonus dan setiap pemain berhak mendapatkan cashback mingguan. ABGQQ juga telah diakui sebagai Bandar Domino Online yang menjamin sistem FAIR PLAY disetiap permainan yang bisa dimainkan dengan deposit minimal hanya Rp.25.000. DEWI365 adalah Bandar Judi Bola Terpercaya & resmi dan terpercaya di indonesia. Situs judi bola ini menyediakan fasilitas bagi anda untuk dapat bermain memainkan permainan judi bola. Didalam situs ini memiliki berbagai permainan taruhan bola terlengkap seperti Sbobet, yang membuat DEWI365 menjadi situs judi bola terbaik dan terpercaya di Indonesia. Tentunya sebagai situs yang bertugas sebagai Bandar Poker Online pastinya akan berusaha untuk menjaga semua informasi dan keamanan yang terdapat di POKERQQ13. Kotakqq adalah situs Judi Poker Online Terpercayayang menyediakan 9 jenis permainan sakong online, dominoqq, domino99, bandarq, bandar ceme, aduq, poker online, bandar poker, balak66, perang baccarat, dan capsa susun. Dengan minimal deposit withdraw 15.000 Anda sudah bisa memainkan semua permaina pkv games di situs kami. Jackpot besar,Win rate tinggi, Fair play, PKV Games