Howdy, Stranger!

It looks like you're new here. If you want to get involved, click one of these buttons!

Supported by

Discrepant results between JASP & BayesFactor - Repeated Measures ANOVA

edited January 2019 in JASP & BayesFactor

subj = 1:10,
Hey all

I am finding different results between the two when conducting a bayesian repeated measures anova, and I'm not sure if I'm mis-specifying it (in JASP or BayesFactor) or interpreting the output incorrectly.

Example experiment: Subjects are assigned conditions (treatment vs. control) and take two tests (science and math).

df <- data.frame(
subj = 1:10
condition = sample(x=c("treatment", "control"), size = 10, replace = T)
science.score = sample(x = 50:100,size =10, replace = T)
math.score = sample(x = 25:75,size =10, replace = T))

df.long <- melt(df, 
variable.name = "test",
value.name = "score",
id.vars = c("subj", "condition"))


When I perform a frequentist repeated measures anova in JASP and BayesFactor, the results converge:


However, when I do a Bayesian Repeated Measures ANOVA, the results diverge (or, at least I think they do):

I specified both ANOVAs the same way in JASP, so I'm not sure what I'm doing wrong!

Any help would be much appreciated

Comments

  • The difference in the analysis is that JASP compares all models to the Null model that includes subject.

    To replicate the results in R you would have to include "subj" into the model as well. In your example, it wasn't included which you can see from the "Against denominator: Intercept only"

    A reproducible example:

    set.seed(42)
    df <- data.frame(
      subj          = factor(1:10),
      condition     = sample(x=c("treatment", "control"), size = 10, replace = T),
      science.score = sample(x = 50:100,size =10, replace = T),
      math.score    = sample(x = 25:75,size =10, replace = T)
    )
    write.csv(df, file = "C:/Users/donvd/Downloads/jaspBRMANOVA.csv")
    
    df.long <- reshape2::melt(df,
      variable.name = "test",
      value.name    = "score",
      id.vars       = c("subj", "condition")
    )
    write.csv(df.long, file = "C:/Users/donvd/Downloads/jaspBRMANOVA_long.csv")
    
    summary(aov(score ~ test * condition + Error(subj), data = df.long))
    
    # does not include subject!
    bf1 <- BayesFactor::anovaBF(score ~ test * condition, data = df.long, whichRandom = "subj")
    bf1
    
    # includes subject!
    bf2 <- BayesFactor::anovaBF(score ~ test * condition + subj, data = df.long, whichRandom = "subj")
    bf2
    

    The results in R:

    The results in JASP:

    There is still a small numerical discrepancy, but that is nothing to worry about. I hope that solves the issue!

  • awesome, thank you @vandenman for the help!

Sign In or Register to comment.

agen judi bola , sportbook, casino, togel, number game, singapore, tangkas, basket, slot, poker, dominoqq, agen bola. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 50.000 ,- bonus cashback hingga 10% , diskon togel hingga 66% bisa bermain di android dan IOS kapanpun dan dimana pun. poker , bandarq , aduq, domino qq , dominobet. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 10.000 ,- bonus turnover 0.5% dan bonus referral 20%. Bonus - bonus yang dihadirkan bisa terbilang cukup tinggi dan memuaskan, anda hanya perlu memasang pada situs yang memberikan bursa pasaran terbaik yaitu http://45.77.173.118/ Bola168. Situs penyedia segala jenis permainan poker online kini semakin banyak ditemukan di Internet, salah satunya TahunQQ merupakan situs Agen Judi Domino66 Dan BandarQ Terpercaya yang mampu memberikan banyak provit bagi bettornya. Permainan Yang Di Sediakan Dewi365 Juga sangat banyak Dan menarik dan Peluang untuk memenangkan Taruhan Judi online ini juga sangat mudah . Mainkan Segera Taruhan Sportbook anda bersama Agen Judi Bola Bersama Dewi365 Kemenangan Anda Berapa pun akan Terbayarkan. Tersedia 9 macam permainan seru yang bisa kamu mainkan hanya di dalam 1 ID saja. Permainan seru yang tersedia seperti Poker, Domino QQ Dan juga BandarQ Online. Semuanya tersedia lengkap hanya di ABGQQ. Situs ABGQQ sangat mudah dimenangkan, kamu juga akan mendapatkan mega bonus dan setiap pemain berhak mendapatkan cashback mingguan. ABGQQ juga telah diakui sebagai Bandar Domino Online yang menjamin sistem FAIR PLAY disetiap permainan yang bisa dimainkan dengan deposit minimal hanya Rp.25.000. DEWI365 adalah Bandar Judi Bola Terpercaya & resmi dan terpercaya di indonesia. Situs judi bola ini menyediakan fasilitas bagi anda untuk dapat bermain memainkan permainan judi bola. Didalam situs ini memiliki berbagai permainan taruhan bola terlengkap seperti Sbobet, yang membuat DEWI365 menjadi situs judi bola terbaik dan terpercaya di Indonesia. Tentunya sebagai situs yang bertugas sebagai Bandar Poker Online pastinya akan berusaha untuk menjaga semua informasi dan keamanan yang terdapat di POKERQQ13. Kotakqq adalah situs Judi Poker Online Terpercayayang menyediakan 9 jenis permainan sakong online, dominoqq, domino99, bandarq, bandar ceme, aduq, poker online, bandar poker, balak66, perang baccarat, dan capsa susun. Dengan minimal deposit withdraw 15.000 Anda sudah bisa memainkan semua permaina pkv games di situs kami. Jackpot besar,Win rate tinggi, Fair play, PKV Games