Howdy, Stranger!

It looks like you're new here. If you want to get involved, click one of these buttons!

Supported by

One-sided Bayesian t test with the BayesFactor package - How to get posterior of d?

Hi,

I am trying to replicate the one-sided Bayesian t test from JASP with the BayesFactor package in R. To get the posterior of d, I use:
bf <- ttestBF(formula = Variable1 ~ Variable2, data = mydata)
bf
chains = posterior(bf, iterations = 1000000)
summary(chains)
median(chains[,4])

This gives me the median of the posterior of the effect size, right?
However, if I use a one-sided test:
bf.signed = ttestBF(formula = Variable1 ~ Variable2, data = mydata, nullInterval = c(Inf, 0))
bf.signed
chains = posterior(bf.signed, iterations = 1000000)
summary(chains)
median(chains[,4])

R produces the following error:

chains = posterior(bf.signed, iterations = 1000000)

Error in posterior(bf.signed, iterations = 1e+06) : Index argument required for posterior with multiple numerators.

I don't know why this happens, because the two bf objects (bf, bf.signed) look identical to me. Does anyone know how the get the median d in a one-sided test?

Moritz

Comments

  • Hi Moritz,

    I would apply the two-sided test and then toss out all the negative values for d.

    Cheers,
    E.J.

  • Hi EJ,
    thanks, I tried that out. I used

    median d for one-sided test

    median(chains[,4][chains[,4]>0])

    for that. However, in some cases a really unrealistic high value for d is estimated. I attached an example here https://syncandshare.lrz.de/dl/fiBV1uWpk5kvu2xkKdZDUS1o/onesidedBF.rar

    The descriptives are
    Low Mean 3.17 SD 0.54
    Hig hMean 3.19 SD 0.35
    which gives a conventional d of d = 0.03

    Without the negative values, d = 0.17 is estimated, in JASP the value is even d = 0.195

    In other cases, the one sided d is closer to the two sided value. I really do not know what to make out of that.

  • Sure but this makes sense, right? If you look at the mode, it should be near zero. But the median is the 50% cut-off point, so creating a one-sided test makes a big difference. So it is not unrealistically high. It is just that with a non-symmetric distribution, you don't want to summarize with a single point. Looking at the entire distribution is better, imo.
    E.J.

  • Want do you think of reporting the one-sided BF and the "two-sided" normal d? (of course, annotating that)

  • Yes, that is exactly my preferred way of reporting the results!
    E.J.

Sign In or Register to comment.

agen judi bola , sportbook, casino, togel, number game, singapore, tangkas, basket, slot, poker, dominoqq, agen bola. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 50.000 ,- bonus cashback hingga 10% , diskon togel hingga 66% bisa bermain di android dan IOS kapanpun dan dimana pun. poker , bandarq , aduq, domino qq , dominobet. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 10.000 ,- bonus turnover 0.5% dan bonus referral 20%. Bonus - bonus yang dihadirkan bisa terbilang cukup tinggi dan memuaskan, anda hanya perlu memasang pada situs yang memberikan bursa pasaran terbaik yaitu http://45.77.173.118/ Bola168. Situs penyedia segala jenis permainan poker online kini semakin banyak ditemukan di Internet, salah satunya TahunQQ merupakan situs Agen Judi Domino66 Dan BandarQ Terpercaya yang mampu memberikan banyak provit bagi bettornya. Permainan Yang Di Sediakan Dewi365 Juga sangat banyak Dan menarik dan Peluang untuk memenangkan Taruhan Judi online ini juga sangat mudah . Mainkan Segera Taruhan Sportbook anda bersama Agen Judi Bola Bersama Dewi365 Kemenangan Anda Berapa pun akan Terbayarkan. Tersedia 9 macam permainan seru yang bisa kamu mainkan hanya di dalam 1 ID saja. Permainan seru yang tersedia seperti Poker, Domino QQ Dan juga BandarQ Online. Semuanya tersedia lengkap hanya di ABGQQ. Situs ABGQQ sangat mudah dimenangkan, kamu juga akan mendapatkan mega bonus dan setiap pemain berhak mendapatkan cashback mingguan. ABGQQ juga telah diakui sebagai Bandar Domino Online yang menjamin sistem FAIR PLAY disetiap permainan yang bisa dimainkan dengan deposit minimal hanya Rp.25.000. DEWI365 adalah Bandar Judi Bola Terpercaya & resmi dan terpercaya di indonesia. Situs judi bola ini menyediakan fasilitas bagi anda untuk dapat bermain memainkan permainan judi bola. Didalam situs ini memiliki berbagai permainan taruhan bola terlengkap seperti Sbobet, yang membuat DEWI365 menjadi situs judi bola terbaik dan terpercaya di Indonesia. Tentunya sebagai situs yang bertugas sebagai Bandar Poker Online pastinya akan berusaha untuk menjaga semua informasi dan keamanan yang terdapat di POKERQQ13. Kotakqq adalah situs Judi Poker Online Terpercayayang menyediakan 9 jenis permainan sakong online, dominoqq, domino99, bandarq, bandar ceme, aduq, poker online, bandar poker, balak66, perang baccarat, dan capsa susun. Dengan minimal deposit withdraw 15.000 Anda sudah bisa memainkan semua permaina pkv games di situs kami. Jackpot besar,Win rate tinggi, Fair play, PKV Games