Howdy, Stranger!

It looks like you're new here. If you want to get involved, click one of these buttons!

Supported by

Question concerning BayesFactor test for independence in contingency tables

Hello all,

I would like to test whether two independent proportions are equal using a bayes
factor. So far, I found some papers on this issue, but not many technical
implementations. I think that I can use the contingencyTableBF() function in the
BayesFactor package to test for differences (or equality) in proportions when I use
the option sampleType="indepMulti" (if that is not the case, please correct me).

Imagine I want to compare two procedures that classify objects; classifications are
either correct or incorrect. I want to test whether the proportions of correct
classifications are different (or equal) between both classifiers. Hence, I have a
very simple contingency table like this:

Classifier 1 Classifier 2
Correct 200 183
False 50 43

I obtain a bayes factor for the comparison via:

contingencyTableBF(contingency_table, sampleType = "indepMulti", fixedMargin = "cols")

My question is how I determine whether to set columns or rows to fixed. I think that
in this case, each column is fixed and multinomially distributed. The BayesFactor
reference manuals states the following on this issue:

For sampleType="indepMulti" (independent multinomial), the sampling plan is assumed
to be one in which row or column totals are fixed, and the each row or column is
assumed to be multinomially distributed. Under the null hypothesis, each row or
column is assumed to have the same multinomial probabilities. The fixed margin must
be given by the fixedMargin argument.

I understand that if I set fixedMargin = "cols", the analysis assumes that the
columns are multinomially distributed -- is that correct? In fact, varying this
parameter does not change the bayes factor much, so I am not 100% sure which is

Best regards and many thanks in advance,



  • Hi Papi,

    In the case of your design, the columns are the procedures you compare (so these are fixed) and the rows contain the performance (so that is not fixed). So basically, you are right, and in your 2x2 case the test reduces to a test for two proportions. See also this paper for explanation and examples:


  • edited September 2016

    Hello E.J.,

    thanks a lot for your response and the paper -- that is a very useful source :-)


Sign In or Register to comment.

agen judi bola , sportbook, casino, togel, number game, singapore, tangkas, basket, slot, poker, dominoqq, agen bola. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 50.000 ,- bonus cashback hingga 10% , diskon togel hingga 66% bisa bermain di android dan IOS kapanpun dan dimana pun. poker , bandarq , aduq, domino qq , dominobet. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 10.000 ,- bonus turnover 0.5% dan bonus referral 20%. Bonus - bonus yang dihadirkan bisa terbilang cukup tinggi dan memuaskan, anda hanya perlu memasang pada situs yang memberikan bursa pasaran terbaik yaitu Bola168. Situs penyedia segala jenis permainan poker online kini semakin banyak ditemukan di Internet, salah satunya TahunQQ merupakan situs Agen Judi Domino66 Dan BandarQ Terpercaya yang mampu memberikan banyak provit bagi bettornya. Permainan Yang Di Sediakan Dewi365 Juga sangat banyak Dan menarik dan Peluang untuk memenangkan Taruhan Judi online ini juga sangat mudah . Mainkan Segera Taruhan Sportbook anda bersama Agen Judi Bola Bersama Dewi365 Kemenangan Anda Berapa pun akan Terbayarkan. Tersedia 9 macam permainan seru yang bisa kamu mainkan hanya di dalam 1 ID saja. Permainan seru yang tersedia seperti Poker, Domino QQ Dan juga BandarQ Online. Semuanya tersedia lengkap hanya di ABGQQ. Situs ABGQQ sangat mudah dimenangkan, kamu juga akan mendapatkan mega bonus dan setiap pemain berhak mendapatkan cashback mingguan. ABGQQ juga telah diakui sebagai Bandar Domino Online yang menjamin sistem FAIR PLAY disetiap permainan yang bisa dimainkan dengan deposit minimal hanya Rp.25.000. DEWI365 adalah Bandar Judi Bola Terpercaya & resmi dan terpercaya di indonesia. Situs judi bola ini menyediakan fasilitas bagi anda untuk dapat bermain memainkan permainan judi bola. Didalam situs ini memiliki berbagai permainan taruhan bola terlengkap seperti Sbobet, yang membuat DEWI365 menjadi situs judi bola terbaik dan terpercaya di Indonesia. Tentunya sebagai situs yang bertugas sebagai Bandar Poker Online pastinya akan berusaha untuk menjaga semua informasi dan keamanan yang terdapat di POKERQQ13. Kotakqq adalah situs Judi Poker Online Terpercayayang menyediakan 9 jenis permainan sakong online, dominoqq, domino99, bandarq, bandar ceme, aduq, poker online, bandar poker, balak66, perang baccarat, dan capsa susun. Dengan minimal deposit withdraw 15.000 Anda sudah bisa memainkan semua permaina pkv games di situs kami. Jackpot besar,Win rate tinggi, Fair play, PKV Games