Howdy, Stranger!

It looks like you're new here. If you want to get involved, click one of these buttons!

Supported by

Model averaged Q-Q plots in R

Hi all,

I would like to reproduce the model averaged Q-Q plots that can be plotted by selecting the "Q-Q plots of residuals" option under the Bayesian (repeated measures) ANOVA in JASP. I'm using the BayesFactor package of Richard Morey in R.

Is there a way to obtain the code used to generate these plots, or alternatively an explanation on how to obtain the residuals?

Many thanks,

Myrthel

Comments

  • I'll ask Don van den Bergh, who programmed this

  • edited February 19

    Unfortunately this is not trivial to implement.

    The relevant functions are .BANOVAsamplePosteriors (https://github.com/jasp-stats/jasp-desktop/blob/development/JASP-Engine/JASP/R/commonAnovaBayesian.R#L1506) and .BANOVAgetSMIResidRsq (https://github.com/jasp-stats/jasp-desktop/blob/development/JASP-Engine/JASP/R/commonAnovaBayesian.R#L2003). However, to use those you need the complete JASP environment. In addition, we do some tricks to avoid storing all posterior samples for all models in memory at once, which not be a problem in your situation.


    A small example in R with two models:


    library(BayesFactor)

    data("puzzles")


    a1 <- anovaBF(RT ~ shape + color, data = puzzles, progress=FALSE)


    samples_1 <- posterior(a1, 1, iterations = 1e3)

    samples_2 <- posterior(a1, 2, iterations = 1e3)


    samples_1 <- as.matrix(samples_1)[, 1:3]

    samples_2 <- as.matrix(samples_2)[, 1:3]


    datOneHot_1 <- model.matrix(RT ~ shape, data = puzzles[,c("RT", "shape")], contrasts.arg = lapply(puzzles[,"shape", drop = FALSE], contrasts, contrasts = FALSE))

    datOneHot_2 <- model.matrix(RT ~ color, data = puzzles[,c("RT", "color")], contrasts.arg = lapply(puzzles[,"color", drop = FALSE], contrasts, contrasts = FALSE))


    preds_1 <- tcrossprod(datOneHot_1, samples_1)

    preds_2 <- tcrossprod(datOneHot_2, samples_2)


    resid_1 <- puzzles[["RT"]] - preds_1

    resid_2 <- puzzles[["RT"]] - preds_2


    gives you the residuals for two models. Next you need to weigh these according to the posterior model probabilities, after which you get the model averaged distribution over residuals. Using that distributions you can then compute things like credible intervals or make plots.


    If you have any more questions, please let me know!

Sign In or Register to comment.

agen judi bola , sportbook, casino, togel, number game, singapore, tangkas, basket, slot, poker, dominoqq, agen bola. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 50.000 ,- bonus cashback hingga 10% , diskon togel hingga 66% bisa bermain di android dan IOS kapanpun dan dimana pun. poker , bandarq , aduq, domino qq , dominobet. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 10.000 ,- bonus turnover 0.5% dan bonus referral 20%. Bonus - bonus yang dihadirkan bisa terbilang cukup tinggi dan memuaskan, anda hanya perlu memasang pada situs yang memberikan bursa pasaran terbaik yaitu http://45.77.173.118/ Bola168. Situs penyedia segala jenis permainan poker online kini semakin banyak ditemukan di Internet, salah satunya TahunQQ merupakan situs Agen Judi Domino66 Dan BandarQ Terpercaya yang mampu memberikan banyak provit bagi bettornya. Permainan Yang Di Sediakan Dewi365 Juga sangat banyak Dan menarik dan Peluang untuk memenangkan Taruhan Judi online ini juga sangat mudah . Mainkan Segera Taruhan Sportbook anda bersama Agen Judi Bola Bersama Dewi365 Kemenangan Anda Berapa pun akan Terbayarkan. Tersedia 9 macam permainan seru yang bisa kamu mainkan hanya di dalam 1 ID saja. Permainan seru yang tersedia seperti Poker, Domino QQ Dan juga BandarQ Online. Semuanya tersedia lengkap hanya di ABGQQ. Situs ABGQQ sangat mudah dimenangkan, kamu juga akan mendapatkan mega bonus dan setiap pemain berhak mendapatkan cashback mingguan. ABGQQ juga telah diakui sebagai Bandar Domino Online yang menjamin sistem FAIR PLAY disetiap permainan yang bisa dimainkan dengan deposit minimal hanya Rp.25.000. DEWI365 adalah Bandar Judi Bola Terpercaya & resmi dan terpercaya di indonesia. Situs judi bola ini menyediakan fasilitas bagi anda untuk dapat bermain memainkan permainan judi bola. Didalam situs ini memiliki berbagai permainan taruhan bola terlengkap seperti Sbobet, yang membuat DEWI365 menjadi situs judi bola terbaik dan terpercaya di Indonesia. Tentunya sebagai situs yang bertugas sebagai Bandar Poker Online pastinya akan berusaha untuk menjaga semua informasi dan keamanan yang terdapat di POKERQQ13. Kotakqq adalah situs Judi Poker Online Terpercayayang menyediakan 9 jenis permainan sakong online, dominoqq, domino99, bandarq, bandar ceme, aduq, poker online, bandar poker, balak66, perang baccarat, dan capsa susun. Dengan minimal deposit withdraw 15.000 Anda sudah bisa memainkan semua permaina pkv games di situs kami. Jackpot besar,Win rate tinggi, Fair play, PKV Games