Howdy, Stranger!

It looks like you're new here. If you want to get involved, click one of these buttons!

Supported by

How does BayesFactor account for random effects?

If I understand correctly from Rouder et al's (2012) paper, the way BayesFactor "deals" with random effects is:

  1. Set a wide prior (r = 1)
  2. No sum-to-zero constraint.

But I see no mention of how the presence of random effect affects the computation of the likelihood of related fixed effects (i.e., is there any difference when an effect is between-subjects vs within-subject).

The use of random factors as random effects vs fixed effects with a wide prior in BayesFactor seems to have little effect:

library(BayesFactor)

data(md_12.1, package = "afex")

# BayesFactor - specify "id" as a fixed effect.
m0_f_BF <- lmBF(rt ~ id, md_12.1, rscaleEffects = c(id = 1))
m1_f_BF <- lmBF(rt ~ angle + id, md_12.1, rscaleEffects = c(id = 1))
BF_f_BF <- unname(as.vector(m1_f_BF / m0_f_BF))

# BayesFactor - specify "id" as a fixed effect.
m0_r_BF <- lmBF(rt ~ id, md_12.1, whichRandom = "id")
m1_r_BF <- lmBF(rt ~ angle + id, md_12.1, whichRandom = "id")
BF_r_BF <- unname(as.vector(m1_r_BF / m0_r_BF))

c(as_fixed = BF_f_BF, as_random = BF_r_BF)
#>  as_fixed as_random 
#>  909.1889  900.1979

However the differences are much larger with other methods (below I use the BIC approx. for simplicity, but stan-based methods also produce differences that BayesFactor does not):

library(lmerTest)

BIC_BF <- function(m0,m1){
  d <- (BIC(m0) - BIC(m1)) / 2
  exp(d)
}

# BIC approx - specify "id" as a fixed effect.
m0_f_lm <- lm(rt ~ id, md_12.1)
m1_f_lm <- lm(rt ~ angle + id, md_12.1)
BF_f_lm <- BIC_BF(m0_f_lm, m1_f_lm)


# BIC approx - specify "id" as a random effect.
m0_r_lm <- lmer(rt ~ (1|id), md_12.1)
m1_r_lm <- lmer(rt ~ angle + (1|id), md_12.1)
BF_r_lm <- BIC_BF(m0_r_lm, m1_r_lm)


c(as_fixed = BF_f_lm, as_random = BF_r_lm)
#>    as_fixed   as_random 
#>    5281.736 3920528.548


Might this be the root of the somewhat common question here in the forum regarding differences between frequentist and Bayesian rmANOVAs in JASP?

Comments

Sign In or Register to comment.

agen judi bola , sportbook, casino, togel, number game, singapore, tangkas, basket, slot, poker, dominoqq, agen bola. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 50.000 ,- bonus cashback hingga 10% , diskon togel hingga 66% bisa bermain di android dan IOS kapanpun dan dimana pun. poker , bandarq , aduq, domino qq , dominobet. Semua permainan bisa dimainkan hanya dengan 1 ID. minimal deposit 10.000 ,- bonus turnover 0.5% dan bonus referral 20%. Bonus - bonus yang dihadirkan bisa terbilang cukup tinggi dan memuaskan, anda hanya perlu memasang pada situs yang memberikan bursa pasaran terbaik yaitu http://45.77.173.118/ Bola168. Situs penyedia segala jenis permainan poker online kini semakin banyak ditemukan di Internet, salah satunya TahunQQ merupakan situs Agen Judi Domino66 Dan BandarQ Terpercaya yang mampu memberikan banyak provit bagi bettornya. Permainan Yang Di Sediakan Dewi365 Juga sangat banyak Dan menarik dan Peluang untuk memenangkan Taruhan Judi online ini juga sangat mudah . Mainkan Segera Taruhan Sportbook anda bersama Agen Judi Bola Bersama Dewi365 Kemenangan Anda Berapa pun akan Terbayarkan. Tersedia 9 macam permainan seru yang bisa kamu mainkan hanya di dalam 1 ID saja. Permainan seru yang tersedia seperti Poker, Domino QQ Dan juga BandarQ Online. Semuanya tersedia lengkap hanya di ABGQQ. Situs ABGQQ sangat mudah dimenangkan, kamu juga akan mendapatkan mega bonus dan setiap pemain berhak mendapatkan cashback mingguan. ABGQQ juga telah diakui sebagai Bandar Domino Online yang menjamin sistem FAIR PLAY disetiap permainan yang bisa dimainkan dengan deposit minimal hanya Rp.25.000. DEWI365 adalah Bandar Judi Bola Terpercaya & resmi dan terpercaya di indonesia. Situs judi bola ini menyediakan fasilitas bagi anda untuk dapat bermain memainkan permainan judi bola. Didalam situs ini memiliki berbagai permainan taruhan bola terlengkap seperti Sbobet, yang membuat DEWI365 menjadi situs judi bola terbaik dan terpercaya di Indonesia. Tentunya sebagai situs yang bertugas sebagai Bandar Poker Online pastinya akan berusaha untuk menjaga semua informasi dan keamanan yang terdapat di POKERQQ13. Kotakqq adalah situs Judi Poker Online Terpercayayang menyediakan 9 jenis permainan sakong online, dominoqq, domino99, bandarq, bandar ceme, aduq, poker online, bandar poker, balak66, perang baccarat, dan capsa susun. Dengan minimal deposit withdraw 15.000 Anda sudah bisa memainkan semua permaina pkv games di situs kami. Jackpot besar,Win rate tinggi, Fair play, PKV Games